Schimmelsporen worden dus beschouwd als belangrijke allergenen in de lucht die aan de bron kunnen liggen van heel verschillende allergische pathologieën zoals allergische bronchitis, rhinitis, dermatitis, astma, extrinsieke allergische alveolitis en van andere pathologieën waarover nog niet alles bekend is. Herhaaldelijke blootstelling zou eveneens respiratoire infecties bevorderen.
Aan het allergische aspect kan nog de toxiciteit worden toegevoegd van sommige stoffen aanwezig in de wanden van de hyfen en vooral in die van de sporen (mycotoxines). In vergelijking met allergenen zijn mycotoxines ondergeschikte metabolieten met een gering moleculair gewicht (tussen 200 en 10.000 dalton) die door talloze schimmels worden uitgescheiden. Het is geweten dat het innemen van mycotoxines zoals aflatoxines en trichothecenen ernstige gezondheidsproblemen kan veroorzaken en zelfs tot de dood kan leiden. Recente studies hebben aangetoond dat identieke doses van deze mycotoxines toxischer kunnen zijn als zij worden ingeademd in plaats van ingenomen. In de sporen van toxinogene schimmels zijn ook betrekkelijk hoge concentraties van mycotoxines gemeten. 600 tot 1100 ppm aflatoxines zijn aangetroffen in sporen van Aspergillus flavus en Aspergillus parasiticus, 15 ppm trichothecenen in sporen van Stachybotrys chartarum en 80 ppm trichothecenen in sporen van Fusarium graminearum en F. sporotrichoides. Sommige mycotoxines zoals trichotecenen geproduceerd door Stachybotrys chartarum (syn. S. atra) en Fusarium spp. of patuline en de penicillinezuren geproduceerd door bepaalde soorten Penicillium hebben een toxisch effect op het ademhalingssysteem. Ook hemolysinen, bij aanvang geïsoleerd bij Stachybotrys chartarum en sindsdien bij meerdere schimmels die vaak in vochtige woningen voorkomen, zouden een risico kunnen vormen voor de gezondheid, in het bijzonder voor die van zuigelingen. Deze elementen zouden nieuw leven kunnen inblazen in de heel controversiële thesis over een mogelijk verband tussen gevallen van onverwachte dood van zuigelingen in overstroomde gebieden in Cleveland en de aanwezigheid van Stachybotrys chartarum leidend tot longbloedingen.
De irriterende eigenschap van bepaalde vluchtige organische producten die door schimmels in de lucht worden verspreid zou eveneens een ernstige bron van hinder kunnen blijken.
Er dient bijgevolg heel voorzichtig te worden omgegaan met patiënten die in een ‘beschimmeld’ huis wonen, in het bijzonder wanneer symptomen zoals irritatie, migraine en misselijkheid in hun woning optreden. Zuigelingen van wie het ademhalingssysteem nog broos is en jonge kinderen zijn nog kwetsbaarder.
Aan schimmels worden vaak andere micro-organismen geassocieerd. Dit is het geval voor mijten (voorraadmijten genoemd) en bacteriën.
Een andere problematiek is die van infectieuze schimmels, die in weefsels kunnen doordringen, er zich kunnen ontwikkelen en mycose bij de mens veroorzaken. In onze contreien zijn er evenwel weinig gevallen van schimmelbesmetting en verspreiding door het leefmilieu bekend of bewezen. Een voorbeeld is de voetschimmel, ook ‘atletenvoet’ genoemd. De omgeving kan worden besmet door een persoon die door deze schimmel (Trichophyton rubrum) is getroffen en die de schimmel ter hoogte van zijn voeten ontwikkelt. De verspreiding gebeurt wanneer met blote voeten op een besmette vloer wordt gelopen. De rol van zwembaden en sportzalen is alom bekend maar ook de badkamer thuis kan een plaats van verspreiding blijken.
In ziekenhuisomgevingen kunnen sommige schimmels echter verantwoordelijk zijn voor invasieve mycosen. Dit is een ernstige maar gelukkig een eerder zeldzame ziekte die enkel "risicovolle" patiënten met immunodeficiëntie treft. Bij de terugkeer naar hun woning blijven sommige patiënten kwetsbaar. Deze kwetsbaarheid kan men ook hebben bij patiënten met bijvoorbeeld mucoviscodosis.