Om micro-organismen in hun omgeving te isoleren, zijn specifieke methoden vereist. De keuze van de apparaten om stalen te nemen, het gebruik van specifieke voedingsbodems, de temperatuur en de duur van de incubatie als levende organismen moeten worden geïsoleerd, zijn stuk voor stuk van belang. Bovendien is een grondige kennis van het te bestuderen milieu (woon-, werkomgeving) noodzakelijk.
Het is ook van fundamenteel belang om de beperkingen te kennen van de methoden om stalen te nemen zodat de juiste keuze wordt gemaakt. Om de omgeving binnenshuis te onderzoeken, beschikt de microbioloog over een waaier van apparaten en methoden.
