Le secteur industriel regroupe des activités très variées, ce qui peut donc présenter pour les travailleurs de multiples problèmes de santé ayant leur origine dans des foyers de contaminations microbiologiques.
Les installations sanitaires (douches) souvent indispensables dans certains types d'activité sont souvent le lieux de développements fongiques et bactériens. Champignons dermatophytes sur le sol des douches, développement de la bactérie Legionella pneumophila dans les eaux chaudes sanitaires, etc...
Des développements microbiens peuvent également se développer au cours de processus très spécifiques. C'est le cas par exemple des "eaux blanches" ou fluides de coupe utilisés pour le refroidissement au cours des opérations de fraisage ou de découpe des métaux.
Les installations industrielles de conditionnement d'air ne sont pas épargnées par les développement microbiens, et exigent souvent une maintenance plus soutenue que pour les installations équipant les bâtiments à bureaux.