Pour isoler les micro-organismes dans leur environnement, des méthodes spécifiques sont requises. Le choix des appareils de prélèvements, l'utilisation de milieux spécifiques de cultures, de la température et de la durée d'incubation lorsqu'il s'agit d'isoler des organismes vivants,  sont autant d'éléments à prendre en considération. De plus, une connaissance approfondie de l'environnement étudié est indispensable.

Il est également primordial de connaître les limites des méthodes de prélèvements utilisées afin de faire le bon choix. Pour aborder l'environnement intérieur, le microbiologiste dispose d'un choix varié d'appareils et de méthodes.